Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) di Universitas Qomaruddin bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang kompeten dalam bidang pendidikan agama Islam, berjiwa wirausaha, dan berkarakter pesantren. Program ini dirancang untuk mengintegrasikan nilai-nilai Islam dengan ilmu pendidikan modern, sehingga lulusan mampu mengajarkan, mengembangkan, dan mengelola pendidikan agama Islam secara profesional dan sesuai dengan perkembangan zaman.